Cuando trabajamos en modo texto, es importante entender la diferencia entre aptitude y apt-get. Cuando instalamos un paquete se crean unas dependencias, pues bien… aptitude recuerda las dependencias de la instalación, a la hora de desinstalar un programa borrara también sus dependencias, excepto las usadas por otros paquetes. En cambio apt-get a la hora de desinstalar solo eliminara el paquete, dejando intactas todas sus dependencias.
Es un tema amplio, de todas formas espero que esta idea sirva como base de un mayor conocimiento.